Для установления дипломатических отношений со странами Центральной Азии, весной 1991 года, Святой Престол создал специальную Апостольскую Администратуру Средней Азии и Казахстана.

Ватикан официально признал независимость Кыргызской Республики 1 января 1992 года. Дипломатические отношения были установлены 27 августа 1992 года.

В Государственной комиссии по делам религий Кыргызской Республики община католиков в Кыргызстане официально именуется Объединение религиозной организации Римско-католической Миссии собственного права для католиков Кыргызстана.

Послом Кыргызской Республики при Святом Престоле с 14 декабря 2006 года является Чрезвычайный и Полномочный Посол КР в ФРГ М.Бакиев.

Представительство Ватикана, аккредитованное в Кыргызстане, во главе с Апостольским Нунцием Мигелем Маури Буендиа находится в Астане. 31 марта 2009 года Апостольский Нунций Мигель Маури Буендиа вручил Главе кыргызского государства К.Бакиеву Верительные грамоты.

 Отношения между Кыргызской Республикой и Государством Ватикан развивались постепенно. Так, первым официальным контактом Кыргызстана с Ватиканом считается посещение Архиепископом Франческо Коласунно г. Бишкек, в мае 1992 года, который был назначен Специальным Посланником Святого Престола в Кыргызской Республике. Основной целью визита было обсуждение вопросов двустороннего сотрудничества. В рамках ознакомительной поездки Ф.Коласуонно состоялись встречи с официальными лицами Кыргызстана. В том же году Ф.Коласуонно вновь посетил Кыргызстан, после разрушительного землетрясения в Токтогульском районе, где передал финансовую помощь жителям с. Тоолук.

 В ноябре 1994 года в г. Бишкек прибыл новый представитель Святого Престола Архиепископ Мариан Олеш. В Бишкеке Архиепископ провел встречу с руководством республики, в ходе которой обсудил внутриполитическую ситуацию в республике и перспективы развития отношений Кыргызстана с Ватиканом.

 Во время последующих посещений Кыргызстана Архиепископ М.Олеш неоднократно встречался с руководителями различных министерств и ведомств республики, представителями мусульманского духовенства и православной церкви Кыргызстана. В ходе своего очередного визита в Кыргызстан, в апреле 1995 года, Апостольский Нунций посетил детскую больницу № 3 г. Бишкек и интернат для глухих детей, где передал гуманитарную помощь от Святого Престола.

 В начале марта 1999 года в рамках диалога на высоком уровне состоялась встреча официальных лиц Кыргызстана с главой Римской Католической Церкви Папой Иоанном Павлом II и Государственным Секретарем (главой правительства) Ватикана кардиналом Содано.

В связи с аккредитацией в качестве Чрезвычайного и Полномочного Посла Кыргызской Республики при Святом Престоле 14 декабря 2006 г. в Ватикане состоялась торжественная церемония вручения Чрезвычайным и Полномочным Послом Кыргызской Республики в ФРГ Бакиевым М.С. Верительных грамот Его Святейшеству Папе Римскому Бенедикту XVI.

В рамках визита Чрезвычайного и Полномочного Посла Кыргызской Республики в Федеративной Республике Германия и Святом Престоле Бакиева М.С. в Ватикан состоялись его встречи с Государственным секретарем Его Преосвященством Кардиналом Тарчизио Бертоне, Архиепископом Леонардо Сандри, Секретарем по связям с государствами Архиепископом Домиником Мамберти, другими высокопоставленными священнослужителями Ватикана, Дуайеном дипломатического корпуса Послом Сан-Марино г-ном Джованни Галасси и главами дипломатических миссий, аккредитованными при Святом Престоле.

11 сентября 2007 г., в рамках визита в Италию, состоялась встреча Заместителя министра иностранных дел Э.Ибраимова с Заместителем секретаря по иностранным делам Ватикана Преподобным Монсеньером Петро Паролином, в ходе, которой были затронуты вопросы активизации кыргызско-ватиканских отношений.

В рамках культурно-гуманитарного сотрудничества между Кыргызстаном и Ватиканом Посольство Ватикана в Астане представлено в Бишкеке своим атташе по культуре. Культурный центр призван, в первую очередь, играть академическую роль, устанавливать и поддерживать контакты между университетами, заниматься благотворительной целью.

С 1996 г. атташе по культуре Апостольской Нунциатуры в Бишкеке установило сотрудничество с Кыргызско-Российским Словянским Университетом (21 мая 1996 года подписано соглашение о сотрудничестве между Апостольской Нунциатурой в Кыргызстане и КРСУ), где читают лекции по истории дипломатии Ватикана. При участии Нунциатуры в университете оснащен компьютерный класс.

В 1999 г. через представительство Ватикана в Алматы по линии Международного фонда "Звезда Востока" был выделен грант на сумму пять тыс. долл. США для создания в КРСУ центра мировых культур и религий. В настоящее время на базе этого центра создана кафедра ЮНЕСКО, мировых культур и религий.

 В октябре 2008 года от имени Папы Бенедикта XVI для оказания помощи, пострадавшим от землетрясения в Ошской области было выделена финансовая помощь в размере 25000 долларов США.

 В настоящее время отношения между Кыргызстаном и Ватиканом остаются ровными и взаимно доброжелательными.